певно я погано питаю, бо логіки, за якою ви виділяєте ці 2 блоки, ви так і не пояснили. критерій "тут правда на нашій стороні, а там не все зрозуміло" є досить не певним, бо викликає більше питань, аніж може пояснити.
отож дозволю собі пояснити вашу логіку, якою вона мені видається. 
як на мене, головним критерієм для поділу на ці 2 блоки є джерела. для першого - це позиція, висловлена Сергієм Квітом; для другого - це позиція МОН. 
спробуйте взяти до уваги уявлення про автономію університету, як головно права вільно* формувати контингент своїх студентів, вільно набирати кадри, вільно надавати звання та ступені та вільно розпоряджатись своїми коштами в тому числі і процесом їх накопичення. і стане зрозуміло, що це простий диктат влади, яка ніколи не зрозуміє цих принципів.

можна сказати, що це все теоретичні роздуми, а на порядку денному конкретні проблеми та закиди. але саме цей заданий порядок денний не дозволяє 
вийти за межі цієї дихотомії, яка на разі звузилась до непристойного абсурду табачник - наукма. коли насправді війну "оголошував" не табачник і не в сторону наукма. 


трохи щодо статуту та законопроекту:
- особисто мені статут дуже не подобається, бо має багато етики та трохи плутанини
- пропозиції є тут http://www.ukma.kiev.ua/news/addm/NaUKMA_Zakon_HEduc.pdf

пс не бачу нічого поганого в рекомендаційних листах при вступі на магістеріум, вони дійсно є на деяких спеціальностях. я б ввів ще на деяких. магістерка -  не бакалаврат, але це мало хто розуміє. і культ корочки не дасть зрозуміти ще довго.  в деяких університетах світу є практика захисту PhD, коли фактично весь захист (суто захист) є в тому, що 2 поважних професори засвідчують, що робота здобувача є дійсно вартісною. як казали мудрі люди на одному вступі на магістерську програму: "а зараз створимо видимість демократії".

* вживаючи слово вільно, я свідомий того, що це "вільно" теж повинно мати свої обмеження та важилі протидії, проте вони ні в якому разі не повинні належати виконавчій владі.