Гм, логіка як раз частково наведена Вами. Автономія ВНЗ - це право встановлювати вільне відвідування, середньозважений рейтинг (а не всі 4ки і 5ки), предмети для вступу, участь в міжнародних домовленостях (в нашому випадку це PhD-програми) та право видавати корпоративні дипломи.
Як на мене, жодної війни немає, а є претензії зі сторони МОНМС (віднині також Молоді та Спорту) плюс недопрацьоване законодавство. Я думаю, буде знайдений компроміс між Міністерством та Могилянкою. Що їм, робити нема чого, окрім із одним ВНЗ сперечатися? Не думаю, що праві ті, хто кажуть, що "прикриття" Могилянки має принципове значення для Табачника. Ми їм не потрібні в усіх сенсах, нажаль. Краще б вже дійсно воювали.
Щодо пропозицій:
Часу для вивчення проекту Закону, обговорення у колективах та внесення 
пропозицій було виділено вкрай недостатньо, що унеможливило належне 
професійне опрацювання документу
А прес-центр МОНМС заявляє, що обговорення почалося ще з 2008 року. І кому тут вірити?
Пропозиції грунтовні. Я не компетентний, щоб сказати, що вони доречні, але начебто все грунтовно опрацьовано. А коли саме вони були висунуті?